در سال ۱۳۶۲ به همت آیت الله صدوقی اولین دانشکده پزشکی بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، در یزد با پذیرش ۳۳ دانشجوی پزشکی شروع بکار نمود و در تداوم آن دانشکده های پرستاری و مامایی و پیراپزشکی ایجاد شد. سپس در سال ۱۳۷۳ با توجه به طرح ادغام دانشکده های پزشکی در وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی به دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید صدوقی یزد مبدل گردید.
در ادامه تلاشهای مستمر دانشگاه، دانشکده های بهداشت و دندانپزشکی نیز به این مجموعه افزوده شدو اکنون با پذیرش دانشجو در ۱۷ رشته تحصیلی در مقاطع مختلف کاردانی، کارشناسی، کارشناسی ارشدو دکترای حرفه ای و همچنین ۷ رشته تخصصی و یک مقطع فلوشیپ نازایی در جهت آموزش علوم پزشکی به فعالیت خود ادامه می دهد. همچنین ارائه خدمات بهداشتی درمانی را با ۵۱ مرکز بهداشتی درمانی شهری، ۴۱ مرکز بهداشتی درمانی روستایی، ۲۱۹ خانه بهداشت و ۳۲ پایگاه بهداشتی (علاوه بر ارائه مراقبتهای بهداشتی) ، ۵ بیمارستان تخصصی و فوق تخصصی در مرکز استان و ۹ بیمارستان عمومی در شهرستانهای تابعه عرضه داشته و محیط آموزشی جهت دانشجویان رشته های علوم پزشکی را فراهم آورده است .